3月23日至24日，三九醫(yī)藥2008年度經(jīng)理人年會(huì)在深圳召開。會(huì)議明確提出，三九醫(yī)藥今后將以發(fā)展戰(zhàn)略為核心，以業(yè)績文化為導(dǎo)向，以6S為工具，強(qiáng)化基礎(chǔ)管理，全面提升上市公司經(jīng)營管理水平。

4月11日，國家藥監(jiān)局調(diào)研組到三九醫(yī)藥進(jìn)行專題調(diào)研，深入了解中藥配方顆粒劑型開發(fā)、生產(chǎn)和銷售等情況。

4月底，三九醫(yī)藥新生產(chǎn)基地獲得國家食品藥品監(jiān)督管理局頒發(fā)的“生產(chǎn)許可證”和“GMP認(rèn)證”證書。三九醫(yī)藥是廣東省食品藥品監(jiān)督管理局首次對企業(yè)進(jìn)行“生產(chǎn)許可證”及“GMP認(rèn)證”同時(shí)驗(yàn)收的試點(diǎn)單位。公司投資建設(shè)的新生產(chǎn)基地在“兩證”認(rèn)證的各項(xiàng)檢查中，一次性順利通過驗(yàn)收。

5月8日，三九醫(yī)藥工業(yè)園落成投產(chǎn)，對上市公司在推動(dòng)中藥現(xiàn)代化、擴(kuò)大生產(chǎn)能力、加快新產(chǎn)品開發(fā)、提高產(chǎn)品質(zhì)量和市場占有率，以及提升“999”品牌價(jià)值等方面，起到全方位的促進(jìn)作用，為實(shí)現(xiàn)公司持續(xù)、健康、快速發(fā)展打下良好的基礎(chǔ)。

5月30日，三九醫(yī)藥2008年投資者見面會(huì)在深圳圣廷苑酒店舉行，此次見面會(huì)的主題是“新視野、新價(jià)值、新三九”。會(huì)上，公司高管與40多位基金經(jīng)理、證券分析師圍繞三九醫(yī)藥的成長性，進(jìn)行了面對面交流和溝通。

6月16日，由三九醫(yī)藥股份有限公司主辦的“中藥配方顆粒學(xué)術(shù)研討會(huì)”在北京召開。這次會(huì)議明確提出了中藥配方顆粒的新的定位，對中藥配方顆粒的發(fā)展和進(jìn)一步研究工作提出了指導(dǎo)性意見，對中藥配方顆粒的健康、持續(xù)發(fā)展以致國際化將起到非常重要的作用。

6月27日，雅安三九藥業(yè)抗震救災(zāi)小分隊(duì)受到華潤集團(tuán)表彰。該集體此后于8月下旬受到國務(wù)院國資委隆重表彰。

9月2日，三九醫(yī)藥推出新股改方案。

9月26日，三九醫(yī)藥股權(quán)分置改革相關(guān)股東會(huì)在深圳本部召開，會(huì)上宣布決議：三九醫(yī)藥股份有限公司股權(quán)分置改革項(xiàng)目順利過關(guān)。隨著三九醫(yī)藥股改的順利沖關(guān)，為上市公司在資本市場的拓展奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)，標(biāo)志著三九醫(yī)藥進(jìn)入了全新的發(fā)展時(shí)代。

12月3日，由馬來西亞華人醫(yī)藥總會(huì)理事長盧映輝先生帶隊(duì)，馬來西亞中醫(yī)師代表團(tuán)一行24人到三九醫(yī)藥股份有限公司本部訪問。